Organe der Dr. Axe-Stiftung sind der Vorstand und der Beirat.
Die Dr. Axe-Stiftung wird durch den Vorstand vertreten. Er verwaltet das Stiftungsvermögen nach den Vorgaben des Stifters Dr. Hans Günther Axe. Mitglieder des Vorstands sind:
Dr. Wolfgang Onderka, Rechtsanwalt, Bonn (Vorsitzender)
Dr. Daniel J. Fischer, Rechtsanwalt/Steuerberater, Königswinter
Harald Weber, Steuerberater, Bonn
Der Beirat der Dr. Axe-Stiftung überwacht die Haushalts- und Wirtschaftsführung des Vorstands und beschließt über die Verwendung der Stiftungsgelder. Dem Beirat der Dr. Axe-Stiftung gehören an:
Anneliese Neumann, Bonn (Vorsitzende)
Dr. Hans-Michael Pott, Rechtsanwalt, Düsseldorf
Ralf Koschwitz, Rechtsanwalt, Niederkassel
Ebba Herfs-Röttgen, Rechtsanwältin, Bonn
Dr. Rudolf Kirstgen, Notar a.D., Blankenheim